選擇何種玉米育種方法，直接影響了玉米育種的效率和結果，而選擇育種方法不僅要結合個人經驗和條件，還要結合材料的特點。首先，采用群體改良的輪回選擇方法。群體改良中較常用的方法就是輪回選擇法，從理論上來說，只要育種涉及的群體足夠大，就可能選擇到所有滿足目標性狀的基因型。但是從事實上來說，可以利用的群體比較很有限，只有不斷淘汰不良基因和選擇有利基因，才可以達到滿意的目標。輪回選擇法避免了有利基因的丟失，也避免了不利基因的攜帶，該方法主要是在一個雜種群體中選擇具有目標性狀的個體做出親本進行交互重組，當其組成一個新群體后，又在這個新群體中鑒定選擇重新進入下一輪周期，如此往復，不斷增加雜種群體中的有利基因，不斷淘汰雜種群體中的不利基因，因而提高了群體的產量效果。其次，采用二環系育種法。二環系育種法適用于單交種或者商品雜交種的育種選擇，該方法比較簡單且方便，它主要是用一個單交種連續多帶自交，選出含有優良基因的自交系。但是，因為每一個育種家會結合自己的需要來選擇單交種，被選中的材料是多樣的，二環系育種法是不會導致遺傳基礎變窄的。然后，采用單倍體誘導系選育玉米自交系方法。該方法利用自然發生或人工培育的單倍體植株，經過自然和人工加倍獲得純合二倍體植株，再進行選育自交系，這種方法既提高了選育的效率，也加快了選育進程，是非常重要的玉米選育方法。然后，采用現代生物育種技術。現代生物育種技術中比較實用的是分子標記和轉基因育種技術。分子標記方法主要運用于種子的純度鑒定、種子遺傳多樣性的分析、基因定位、雜種優勢預測、劃分等，大大提高了育種的效率。