玉米育種的主流是優勢育種，基本途徑是先選育純合的親本自交系，再將親本自交系雜交，選育出優勢強的雜交種。生產上利用的是F1代的優勢。自交系的選育不但要求本身性狀優良，還要求配合力高。這就大大提高了育種的難度，延長了育種的周期。不僅如此，自交系的性狀同雜交種的性狀雖然有關系，但仍然有距離，在雜交種水平上還要對農藝性狀進行選擇鑒定，同時對主要目標性狀的優勢水平進行比較，然后育成優良雜交品種。
玉米育種的自交系的選育方法:
1.常規選育法
　　這種選育方法就是在分離的原始群體中選擇個體自交系，經若干世代按目測自交選擇之后，進行配合力的測定，然后選出優良的自交系。在育種規模不大的情況下，常規選育法，更多地依靠育種者的經驗。
2.單倍體選系法
　　其基本原理是利用自然或人工的誘發、培育的單倍體植株經過人工的染色體加倍或自然加倍獲得純合的二倍體，然后再從中選育優良的單株，成為自交系。單倍體育種一般只需2年就能獲得純合的自交系，比常規方法縮短了育種的周期，對育種家有很大的吸引力。
3.輻射與化學誘變選系法
　　此種方法的誘變機理主要以損傷恢復，在恢復過程中發現有利的變異，因而在選擇原始材料上要兼顧遺傳基礎豐富和抗損傷能力強，在選系過程中要注意淘汰各種畸形株和不利變異，選擇突變性狀明顯的健康的植株。
4.分子選系法
　　所謂分子選系法是在DNA水平上開展的自交系選育，包括轉基因選系法和分子標記輔助選系法。轉基因選系就是借助遺傳轉化技術，將一些其他動植物有利的外源基因導人自交系或雜交種內，育成有外源基因控制性狀的優良自交系，這種方法對于改造玉米基因庫中不具備的某些目標性狀是致關重要的。
5.自交系的改良
　　改良自交系常用的方法是回交轉育法。回交轉育法就是以被改良的自交系為輪回親本，以目的基因供體親本為非輪回親本，經過5代以上的回交改良和1~2代的自交穩定后，就可以育成新的改良自交系。回交效果的好壞同目標性狀的遺傳方式有關，一般回交法對簡單性狀或單基因控制的性狀以及細胞質遺傳性狀較有效，對復雜性狀效果差。